El Colegio Mayor está dirigido por los Padres Agustinos en la persona del director. Colaboran con él, desempeñando las funciones propias de su denominación respectiva: dos subdirectores, un secretario y un administrador. Todos ellos forman parte del Consejo de Dirección.

Dos decanos, elegidos por la Dirección entre los colegiales, son colaboradores y ejercen funciones delegadas y tutoriales.

Los colegiales tienen el derecho y el deber de cooperar y participar en las actividades culturales y demás manifestaciones de la vida colegial. En este sentido adquieren gran importancia el Consejo Colegial y el de Actividades.

El Consejo Colegial es el órgano de participación representativo de los colegiales. Integrado por los Subdirectores, que actúan de Presidentes, y seis colegiales elegidos libremente por sus compañeros y confirmados por la Dirección, tiene carácter consultivo y es el encargado de transmitir a la Dirección los posibles problemas o sugerencias de los colegiales.

Por su parte el Consejo de Actividades, también elegido democráticamente por los colegiales, está integrado por todos los delegados de actividades. Ellos, en coordinación con la Dirección, organizan, proyectan y gestionan las actividades complementarias del centro.